Ao longo dos 12 anos de ensino, o ISCTEM tem estabelecido acordos de cooperação científica, pedagógica e organizacional com diversas instituições nacionais e estrangeiras, entre as quais destacam-se:

• Development Bank of South Africa (RSA)

• Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Portugal)

• Instituto Superior de Contabilidade e Administração de Lisboa (Portugal)

• Instituto Superior de Transportes e Comunicações (Moçambique)

• Ordem dos Farmacêuticos (Portugal)

• Universidade Aberta (Portugal)

• Universidade Autónoma de Barcelona (Espanha)

• Universidade de Aveiro (Portugal)

• Universidade Eduardo Mondlane (Moçambique)

• Universidade do Minho (Portugal)

• Universidade de Pernambuco (Brasil)

• Universidade Politécnica (Moçambique)

• Universidade Privada de Kanagawa (Japão)

• Universidade São Francisco (Portugal)

• University of the Witwatersrand's Graduate School of Business Adminitration (RSA)

• United Nations Educational, Scientific and Cultural Organization (UNESCO)